Alexandre était à peine âgé de 20 ans, lorsque son père fut assassiné.  Proclamé roi, il eut tôt fait de confirmer son autorité sur les Cités grecques et tourna rapidement son attention vers son puissant voisin, l'empire perse, dont les intérêts se heurtaient aux siens.

Alexandre prit la décision d'envahir le plus grand empire de la terre avec seulement 35.000 hommes.  Les troupes étaient suivies de la cour royale, d'un train de chariots d'approvisionnement, de nombreux intellectuels, botanistes, géographes....   L'expédition d'Alexandre eut ainsi, non seulement une raison militaire, mais aussi un but scientifique.
A Babylone, capitale d'empire, le roi Darius III ne s'inquiéta guère des progrès du jeune prétentieux et compta sur l'oligarchie des provinces occidentales de l'empire pour l'arrêter.
Toutefois, ayant franchi le détroit des Dardanelles, Alexandre ne tarda pas à mettre en déroute les troupes des Satrapes le long des rives du Granique, non loin de l'ancienne ville de Troie.  Mal organisées, les troupes auxiliaires perses furent mises en déroute avec de lourdes pertes.

Victorieux, Alexandre se savait toutefois menacé par la puissante flotte perse qui, en son absence, pouvait opérer un débarquement sur ses arrières ou en Grèce même.  Sa flotte n'étant pas de taille à lutter contre les navires perses, Alexandre choisit de réduire ceux-ci à l'impuissance en capturant leurs ports.  Longeant la côte méditérranéenne (la côte sud de la Turquie actuelle), il s'empara de nombreuses cités portuaires, assurant de la sorte ses arrières.

Pendant ce temps, Darius avait rassemblé, dans toutes les provinces de l'Empire, une énorme armée de plus de 200.000 hommes sous son commandement personnel.  Ses préparatifs achevés, il se porta à la rencontre d'Alexandre.  Le contact se produisit non loin de la frontière turco-syrienne, à proximité de l'actuelle ville turque d'Iskenderun.
Dans un premier temps, Darius, fort supérieur en nombre, installa son armée sur de fortes positions et se contenta d'attendre.  L'hiver approchant et les provisions se réduisant, Darius n'eut d'autre choix que de lever le camp et de partir à la recherche d'Alexandre.  Bien que proches, aucun des deux adversaires ne savait exactement où était l'autre car les deux troupes étaient séparées par une chaîne montagneuse.  Darius marcha vers le Nord et Alexandre marcha vers le Sud; les armées se croisèrent de peu sans se rendre compte de ce fait.
Lorsqu'il apprit qu'Alexandre l'avait dépassé, Darius se redirigea vers le Sud et atteignit Issos où il captura un camp d'Alexandre, uniquement tenu par des soldats malades et incapables de combattre.  Darius continua vers le Sud et stoppa sa progression dans une plaine de trois kilomètres de large, bordée d'une part par des montagnes infranchissables et d'autre part par la Méditerranée.  Un fleuve séparait le futur champ de bataille et Darius s'appuya sur la rive nord de celui-ci pour y placer ses troupes. 
Alexandre rebroussa également chemin pour se diriger vers le Nord, nullement perturbé par la présence de Darius sur ses arrières et qui faisait, de la sorte, peser un grave danger sur ses lignes de communication.

Au moment où la bataille allait s'engager, Darius disposait d'une force de 10.000 cavaliers et d'environ 200.000 hommes d'infanterie et archers.  Pour sa part, Alexandre disposait de 5.000 cavaliers et 30.000 hommes d'infanterie.  Les Perses bénéficiaient d'un rapport de force de six contre un.
Darius, fort de sa supériorité, plaça son infanterie en position défensive tout au long du fleuve.  Il concentra toute sa cavalerie sur sa droite, en bord de mer, avec pour mission d'attaquer au travers de l'embouchure dans les eaux peu profondes et d'encercler les Macédoniens par l'arrière.
Alexandre, en dépit de son infériorité numérique criante, parvint à garnir la rive sud du fleuve d'une ligne continue d'hommes sur une distance de trois kilomètres.  Conscient du danger que faisait peser sur sa gauche l'énorme cavalerie perse, il plaça une part importante de sa cavalerie sur sa gauche afin de retenir, autant que possible, l'assaut.  Constatant la faiblesse de l'aile gauche perse, du côté des montagnes, Alexandre garda une part de sa cavalerie sous son commandement propre et se plaça avec elle à l'extrême droite de son dispositif avec l'intention de fondre sur le centre perse et de tenter d'atteindre Darius en personne.  Alexandre était convaincu que s'il pouvait tuer ou capturer Darius, l'énorme armée perse ne tarderait pas à se disloquer.

Dès que la bataille s'engagea, Alexandre, à partir de sa droite, engagea sa cavalerie contre l'infanterie perse mais son assaut fut contenu par les archers et les soldats de Darius.  Dans le même temps, l'immense cavalerie perse donna l'assaut au travers du fleuve mais Alexandre avait suffisamment renforcé son aile gauche et celle-ci résista avec succès à l'assaut.
Les assauts de cavalerie ayant échoué, les deux infanteries s'élancèrent l'une contre l'autre dans un choc assourdissant.  Le combat fit rage dans les eaux mais aucun adversaire ne parvint clairement à prendre le dessus.
Conscient qu'il ne pourrait contenir éternellement une armée aussi importante, Alexandre, prenant des risques insensés, se remit à la tête de sa cavalerie et lança un nouvel assaut contre le centre perse à partir de sa droite.  Subjugués par l'héroïsme et le charisme de leur chef, les soldats macédoniens percèrent les lignes de l'infanterie perse et atteignirent les positions de la garde personnelle de Darius qui combattit jusqu'au dernier homme.  Darius, se voyant en danger, ne tarda pas à fuir le champ de bataille afin de sauver sa vie.  Démoralisés par la fuite du roi, les Perses perdirent toute cohésion et prirent aussi la fuite.
Poursuivie par les Macédoniens, l'armée perse, extrêmement vulnérable comme toute les armées en fuite, essuya des pertes désastreuses.

A Issos, la victoire d'Alexandre fut complète.  Les pertes macédoniennes se chiffrèrent entre 150 et 450 tués, auquels il convenait d'ajouter 4.000 blessés.  Même s'ils sont sujets à caution, les chiffres des pertes perses font état de 10.000 cavaliers tués et de 100.000 soldats d'infanterie perdus.  Sur les 100.000 fantassins encore disponibles, Darius ne parvint à en réunir que 4.000 autour de lui avant de repasser l'Euphrate.
Alexandre captura de nombreux trésors dans le campement royal perse et s'empara également de la mère, de l'épouse et des enfants de Darius qui furent tous traités avec égards.

Epouvanté par l'étendue de sa défaite, Darius offrit la paix en échange de tous ses territoires à l'Ouest de l'Euphrate, soit près de la moitié de son empire. 
Alexandre refusa un butin si tentant.  Se remettant en route,  il longea la côte de Méditerranée vers le Sud (Syrie, Liban, Israel actuels) s'emparant des villes majeures de Tyr et Gaza.  Il pénètra ensuite en Egypte où il fut accueilli en libérateur, les Perses occupant le pays depuis 525 AJC; là, il fonda Alexandrie, promise à un développement ultérieur prodigieux.