Le 11, août 1798 (14 thermidor an VI) à 13 h 30, les veilleurs du vaisseau français l'Heureux signalent une dizaine de voiles venant du nord-ouest. Ce ne peut être que Nelson. Une demi-heure plus tard, les signaux du branle-bas de combat montent dans la mâture de L'Orient, vaisseau de l'amiral Brueys ainsi que ceux de «gréer les perroquets» au cas où les Anglais attendraient l'aube pour attaquer, et qu'à la faveur de la nuit la flotte française puisse s'esquiver. Brueys fait passer 150 hommes de la Sérieuse pour renforcer l'équipage du Tonnant. Chaque unité rappelle les embarcations occupées à faire de l'eau.Car par une aberration stratégique, les Français, pourtant présents sur les côtes égyptiennes depuis près d'un mois, se sont laissés surprendre !
Aux commandants venus sonder ses intentions, Brueys réitère sa décision de combattre au mouillage en raison de la faiblesse et de la médiocrité des équipages. Désapprouvant la décision de Brueys, Dupetit-Thouars quitte L'Orient. Rien n'est joué.

La balance des forces est équilibrée. Les Anglais alignent 13 vaisseaux de 74 canons et un de 50 (le Geander) alors que les Français comptent 13 vaisseaux, dont 3 hors d'âge, réarmés à la hâte alors qu'ils étaient destinés à la casse, 4 frégates et 4 bricks. Mais cet inconvénient est compensé par le trois-ponts de 120 canons (L'Orient), 3 vaisseaux de 80 canons (le Guillaume-Tell, le Tonnant, le Franklin) considérés comme les meilleurs vaisseaux en service à cette époque ce qui confère aux Français un avantage en puissance: 1 182 canons en majorité de 36 livres contre 1012 canons principalement de 24 livres pour les Anglais.

Un brick français est détaché vers les Anglais pour les attirer sur les récifs. Mais les Anglais ne donnent pas dans le piège. Ils reviennent au vent. La brise nordnord-ouest leur est favorable. A 17 heures, L'Orient ordonne à tous les bâtiments de se réunir les uns aux autres par de gros câbles pour empêcher l'ennemi de couper la ligne. Contre toute attente, en dépit de l'absence de quatre de ses vaisseaux , de l'heure tardive, de l'absence de carte, de l'impossibilité de réunir ses capitaines et concerter un plan, Nelson a décidé de passer à l'attaque et d'assumer les risques d'un combat nocturne.
Les 10 vaisseaux anglais contournent le banc de l'îlot d'Aboukir et se dirigent vers le guide français, le Guerrier. Ils ont compris le parti qu'ils peuvent tirer de la position française. Dans une totale improvisation, Foley, commandant le Goliath, a l'audace de passer entre la rive et les bâtiments français. Quatre autres vaisseaux (le Zealous, l'Orlon, l'Audacious, le Theseus) imitent sa manoeuvre et parviennent à se glisser vers 18 heures par l'ouest tandis que cinq autres attaquent depuis le large avec le Vanguard de Nelson.

Vers 18h30, toute l'avant-garde française incluant le Franklin est accablée des deux bords par une force supérieure. Pour ne rien arranger, le Guerrier et le Conquérant, deux vétérans dont les coques pourries volent en éclat à chaque coup ennemi, sont surpris avec leurs batteries bâbord - côté terre masquées. Mais la chance ne sourit pas à tous les Anglais. Gêné par la fumée et l'obscurité, le Bellerophon manque son mouillage et s'immobilise par le travers de L'Orient, qui le surclasse de 46 canons et le foudroie à bout portant. S'étant trop avancé, le Majestic s'engage dans les haubans de l'Heureux auquel il reste accroché dans une position désavantageuse. Son capitaine a été tué. Mais le vaisseau français ne saisit pas l'opportunité de l'amariner, les officiers n'étant pas parvenus à faire monter l'équipage sur le pont. Le Majestic parvient à se dégager. Vers 20 heures, Nelson est gravement blessé au visage au point de croire sa dernière heure venue. Le Bellerophon transformé en ponton par L'Orient quitte la ligne et dérive vers le fond de la baie.